本科室作为全国胃肠肛门常见及疑难病例的诊治中心，在结直肠肿瘤、炎症性肠病的外科治疗领域处于国内领先水平，致力于局部晚期和复发性结直肠癌、复杂炎性肠病外科治疗的临床和研究工作：

团队专注于结直肠癌的外科规范化诊治，开展多学科联合诊治（MDT）与微创外科手术方案（机器人辅助、NOSES等），牵头局部晚期直肠癌新辅助治疗新模式(FOBEAR方案)并推广应用，擅长局部高危结直肠癌与局部复发性直肠癌的盆腔联合脏器切除手术等治疗。

作为广东省炎症性肠病精准诊疗工程技术研究中心及中山六院炎症性肠病外科诊疗中心，炎症性肠病手术病例位居全国前列，牵头制定了《中国溃疡性结肠炎外科治疗指南》、《克罗恩病肛瘘诊断与治疗专家共识意见》等行业规范。

科室在主持的国家863计划、国家国际科技合作专项、广州市重点领域研发计划等课题资助下，系列研究成果发表于Nature Communications、PNAS、Advanced Science、Lancet Gastroenterology & Hepatology等国际知名期刊。科室学科带头人吴小剑教授作为主要研究者获得国家科技进步二等奖、教育部科技进步一等奖和3次广东省科技进步一等奖，并担任国际癌症基因组联盟ARGO结直肠癌项目负责人、教育部生物医学大数据工程研究中心及外科智能器械工程研究中心副主任等学术兼职，是国内核心期刊《中华胃肠外科杂志》副主编及《中华炎性肠病杂志》主编。