2006年6月17日，中山大学、广州市卫生局共建广州市第六人民医院首次洽谈会召开。

2006年8月21日，市卫生局副局长卢彦德、医政处处长胡晓民来院调研中山大学接管医院相关事宜。

2006年8月23日，广州市副市长李卓彬在卫生局局长黄炯烈、副局长卢彦德的陪同下莅临医院调研工作。

2006年8月31日，中山大学致函广州市政府，提出接管广州市第六人民医院。

2006年11月27日，经广州市政府第12届第122次常务会议研究决定，将市六医院成建制移交中山大学。

2006年11月29日广州市第六人民医院整体移交接管协调小组成立。

2006年12月5日，医院举行由中山大学管理有关情况通报会。广州市卫生局周国生书记、卢彦德副局长、中山大学汪建平副校长、医学部芮琳书记参加了会议。周国生书记在会上宣布了市委、市政府关于医院成建制移交中山大学的决议。
 
2007年1月24日，中山大学黄达人校长、汪建平副校长及医管处李巧兰处长莅临医院调研工作。

2007年2月5日，医院成建制移交中山大学签字仪式。

2007年2月5日，中山大学附属第六医院（胃肠肛门医院）首次中层干部会议召开。

2007年3月12日，医院成建制移交中山大学后第二次召开中层干部会议。宣读了关于医院职能科室设置的通知及职能科室人事任命的通知。

2007年3月21日，广东省教育工会詹必富主席、中山大学工会罗永明常务副主席、韩梅副主席、吴京洪副主席一行5人来到我院，就医院进入中山大学大家庭后，工会组织领导的延续、今年的工作计划及今后的工作思路做出了具体的指导，并送来了相关的文件资料。

2007年4月2日，大学新调入专家参观医院。

2007年4月6日，中山大学党委书记郑德涛同志在组织部部长戴月同志的陪同下莅临我院视察工作，并宣布医院领导人事任命。

2007年5月12日－5月13日，召开中山大学附属第六医院（胃肠肛门医院）2007年医院工作会议，总结2006年医院工作，部署2007年工作计划。

2007年5月15日，省编办领导及专家莅临我院视察和指导工作。

2007年5月19日，中华胃肠外科杂志编辑部迁入医院。

2007年6月6日，中山大学附属第六医院（胃肠肛门医院）挂牌仪式庆典。